FW6040在设计上进行不但通过快拆结构实现了快速展开部署能力，还设计了分体式油箱，便于动态配置载荷和燃油；采用了钛合金强化主起落架结构，确保飞机具有野战机场起降能力；对中翼部分进行了结构加强设计，并预留多种结构和电气接口，方便进行挂载扩展；机体机头舱段与后舱段采用隔离设计，提高载荷舱段的电磁兼容特性；尾翼采用上置平尾布局，降低了发动机气流变化对俯仰操纵特性的影响；机身、中翼、尾杆、尾翼采用连通设计，方便在尾翼扩展安装通信天线等设备。